关键点：
L1C-1-4-4 变体具有类L1C基因组骨架，有重组证据
该变体在2018年末至2019年与其他流行的PRRSV-2毒株发生了分化，有证据表明nsp2区域与类L1A毒株重组
去年，美国中西部养猪业见证了由新PRRSV变体L1C-1-4-4引起的大规模PRRS爆发。该变体的分离株不仅在ORF5中，而且在整个基因组中在遗传上高度相似(>98%)1。关于这种变体如何迅速传播并导致非典型生产损失的问题仍然存在。以前的研究表明，PRRSV-2的毒力是由不同基因组部分的几个蛋白质编码区决定的2,3。因此，分析L1C-1-4-4变体的全基因组序列 (WGS) 是了解该病毒与其他流行变体有何不同的第一个关键步骤。从全基因组推断病毒的进化起源是复杂的，因为重组是病毒之间交换基因组部分的进化机制4。这有助于病毒种群的遗传多样性，并可能导致病毒特征的迅速变化。
为了确定新变体是否是重组病毒，对一组毒株的全基因组序列进行了重组检测，包括最近爆发的L1C-1-4-4变体（n=19）和过去二十年在美国收集的公开分离株（n=232）。根据它们的ORF5基因系统发育将序列分类为谱系。三个WGS片段表现出低片段内重组率（根据重组热点划分），用于通过贝叶斯系统动力学和离散性状分析 (DTA) 5估计病毒的进化历史和祖先间（亚）谱系重组。
系统动力学模型证实，这种新型变体是一种具有类L1C基因组骨架的重组病毒。该变体在2018年末至2019年初出现分化，通过重组从类L1A病毒中获得了一个非结构蛋白2编码区（ORF1a 基因的主要部分）。最近的亲属是2018年收集的属于L1C和L1A的两个分离株，它们的重组历史都与新变体不同（图 1）。然而，DTA表明导致广泛传播的跨（亚）谱系重组事件（即留下可检测数量的后代的事件）相对不常见（< 0.5 事件/年）。
图1 系统发育树呈现每个基因组部分的PRRSV-2进化历史，由基于ORF5的祖先谱系或亚谱系着色。星号定位感兴趣分类群的系统发育位置
这项研究由猪健康信息中心和 USDA-NSF-NIH 资助。
原文链接：https://umnswinenews.com/2022/04/29/tracing-the-evolutionary-history-of-the-novel-prrsv-2-l1c-1-4-4-variant/#more-7415
参考文献：
1. Kikuti, M. et al. Emergence of a New Lineage 1C Variant of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus 2 in the United States. Front. Vet. Sci. (2021). doi:10.3389/fvets.2021.752938
2. Kwon, B., Ansari, I. H., Pattnaik, A. K. & Osorio, F. A. Identification of virulence determinants of porcine reproductive and respiratory syndrome virus through construction of chimeric clones. Virology (2008). doi:10.1016/j.virol.2008.07.030
3. Ruedas-Torres, I. et al. The jigsaw of PRRSV virulence. Veterinary Microbiology (2021). doi:10.1016/j.vetmic.2021.109168
4. Simon-Loriere, E. & Holmes, E. C. Why do RNA viruses recombine? Nature Reviews Microbiology (2011). doi:10.1038/nrmicro2614
5. Suchard, M. A. et al. Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10. Virus Evol. (2018). doi:10.1093/ve/vey016
